Wolfgang Amadeus Mozart (1756-1791) navštívil Klementinum poprvé 13. ledna 1787 a pak ještě několikrát. Během jedné jeho návštěvy mu prý studenti zdejšího generálního semináře zahráli jeho symfonii a Mozart se odvděčil vlastní produkcí, o níž se zmiňuje v zápise do Mozartova památníčku tehdejší rektor semináře Josef František Hurdálek.
Skladatelova obliba u Pražanů byla tak veliká, že z výtěžku ze dvou veřejných koncertů a dalších dobrovolných příspěvků vznikl v roce 1837 u příležitosti padesátého výročí pražské premiéry opery "Don Giovanni" Mozartův památník, první toho druhu na světě. Po slavnostním otevření 18. září 1837 byl veřejnosti zpřístupněn v prostorách tehdejší c. k. univerzitní knihovny v Klementinu. Hudebniny byly umístěny ve dvou skleněných skříních a uprostřed nově pojmenovaného Mozartova sálu byla instalována na jeho busta.
Hlavní část sbírky dnes tvoří rukopisné i tištěné historické hudebniny, které obsahují více než 180 Mozartových skladeb. Tištěné hudebniny, mezi nimiž jsou i první vydání, pocházejí z produkce vídeňských a lipských nakladatelských domů z konce 18. a z první třetiny 19. století. Mezi nejcennější dokumenty této sbírky jsou čtyři dopisy psané rukou členů Mozartovy rodiny a samotným W. A. Mozartem.
Mozartův dopis otci Leopoldovi (ukázka). Paříž 20.července 1778, NK sign. M III 16c
Památník dále uchovává listinné dokumenty, které mají vztah k životu a dílu W. A. Mozarta, k jeho pobytům v Praze i k vlastnímu založení památníku.
Dnes je soubor Mozartova památníku součástí Hudebního oddělení Národní knihovny ČR a je přístupný badatelům. Je využíván k badatelským účelům jako důležitý soubor pramenů např. k posouzení autenticity Mozartových děl, jejich dobových úprav a zejména recepce Mozartova díla v první třetině 19. století. Stal se rovněž využívaným zdrojem informací při tvorbě nového kritického vydání děl W. A. Mozarta (Neue Mozart Ausgabe).