Pečuje o knihovní fondy včetně vhodného uložení, preventivní konzervace a restaurování.
Ochrana a péče o knihovní fondy zahrnuje komplex činností, jejichž cílem je výrazně zpomalit nežádoucí degradační procesy a eliminovat faktory, které ohrožují fyzický stav jednotlivých exemplářů. Odbor ochrany knihovních fondů (OOKF) monitoruje klimatické parametry a čistotu depozitářů pro ukládání knihovních fondů, provádí jejich individuální a hromadnou konzervaci, nebo restaurování. Podílí se na plánování a realizaci preventivních opatření proti haváriím a živelním pohromám a na zvládání jejich následků. Odbor provádí metodickou činnost v oblasti péče a záchrany knihovních fondů v síti knihoven v ČR a vytváří metodické pomůcky a postupy (certifikované metodiky, památkové postupy apod.). Odborně zaštiťuje „Národní program ochrany knihovních fondů“, podprogram VISK 4 zaměřený na ochranu knihovních fondů. Pracovníci OOKF jsou členy českých (AMG, KKR, pracovní skupina Plasty, Společenstvo českých knihařů) i mezinárodních odborných sdružení a spolků (IFLA, Preservation and Conservation Standing Comittee, IADA, ICOM, apod.), věnují se výzkumu a vývoji.
- Oddělení vývoje a výzkumných laboratoří
Věnuje se analýze materiálů, multispektrálnímu průzkumu, monitoringu klimatických podmínek, kontrole kontaminace a dezinfekci, nebo vysoušení fondů poškozených vodou. - Oddělení restaurování
Průzkum stavu historických fondů, analýza, oprava, konzervace a restaurování poškozených objektů. - Oddělení preventivní konzervace
Oddělení zajišťuje opravy, konzervátorské a restaurátorské zásahy a očistu novodobých knihovních fondů.