Nejstarší část historických fondů tvoří rukopisná sbírka jejíž základy tvoří zejména rukopisy pražské univerzity a jejích kolejí a kodexy ze zrušených českých klášterů. Součástí sbírky jsou také orientální rukopisy, indické rukopisy psané na palmových listech, sbírka řeckých papyrů Graeci-Wessely a archiv Adalberta Stiftera. Celkem rukopisná sbírka čítá přes 15 000 knihovních jednotek. Oddělení spravuje také deponáty (asi 650 knihovních jednotek) řádu křížovníků, břevnovských benediktinů, krumlovských minoritů a oseckých cisterciáků. Sbírka rukopisů české reformace byla zařazena na seznam Unesco Memory of the World. Neméně významnou součástí sbírek jsou inkunábule (přes 4200 exemplářů), tedy tisky vydané před rokem 1501, z nichž některé jsou unikáty či polounikáty. Sbírka starých tisků je vymezena léty 1501 – 1800 a čítá přes 170 000 svazků. Prvořadým úkolem NK ČR je shromažďovat jazykově české tisky a ostatní bohemikální tisky. Nebohemikální tisky uložené ve fondu navazují na tradici jezuitské kolejní knihovny a některých soukromých knihoven (např. pražská lobkowiczká knihovna, knihovna Kinských). Další částí historických fondů je sbírka starých map z období 16. a 18. století s ojedinělými přesahy do 19. století, která čítá přes 640 samostatných map a 32 atlasů (celkem asi 2500 map) a jejíž stěžejní díl tvoří lobkowiczká mapová sbírka. Samostatný celek tvoří rozsáhlá sbírka (529 kusů) grafických jednolistů univerzitních tezí z období baroka, jež sloužily jako diplom na jezuitské univerzitě. Tato sbírka byla také zapsána na seznam Unesco Memory of the World.
Jednotlivé rukopisy se postupně digitalizují a zpřístupňují v digitální knihovně Manuscriptorium. Staré tisky, inkunábule, mapy a teze jsou postupně digitalizovány a rekatalogizovány a jsou přístupné v databázi STT. Nedílnou součástí fondů oddělení rukopisů a starých tisků je rozsáhlá příruční knihovna, která slouží jednak jako služební knihovna pro odborné zpracování knižních fondů a dále jako uživatelská knihovna ve volném výběru, profilovaná na historické knižní fondy, jejich obsah a dějiny knižní kultury.
Rukopisy
Sbírka rukopisů Národní knihovny ČR obsahuje asi 15 000 knihovních jednotek. Nejstarší rukopisy pocházejí z doby před naším letopočtem, nejmladší z první poloviny 20. století. Jádrem sbírky jsou kolejní knihovny středověké pražské univerzity, které se později staly součástí knihovny pražské klementinské koleje jezuitů. K nim přistoupilo několik rukopisů z pozdější univerzitní, tzv. nové karolinské knihovny. Tento rukopisný fond byl na konci 18. století rozšířen nejprve o knihovny zrušených českých jezuitských kolejí a také o rukopisy z knihovny Kinských. Na samém konci 18. století přibyly ještě rukopisy z českých klášterů, zrušených za Josefa II. Takto vzniklý fond, rozšířený ještě o další nepočetné přírůstky, byl zpracován na počátku 20. století v tištěných katalozích. V době první republiky byly v rámci velkorysé akviziční politiky získány významné knižní celky, které obsahovaly také rukopisy. Jednalo se o sbírku řeckých papyrů, orientální rukopisy včetně indických na palmových listech, rukopisy pražské lobkowiczké knihovny, Széll-Kubelíkovy knihovny, rukopisy z thun-hohensteinské knihovny v Děčíně a z kláštera benediktnů v Admontě. Část literárního archivu Adalberta Stiftera a kodexy z kláštera v Oseku, resp. formálně také rukopisy z Městské knihovny v Žitavě, byly získány až po druhé světové válce. V poslední době byly pro knihovnu získány nákupem zejména ucelené soubory rukopisů kláštera premonstrátů v Teplé a rukopisů kláštera františkánů v Chebu.
Vznikem rukopisného fondu Národní knihovny je do značné míry dán i jeho obsah: Profilující část fondu tvoří středověké literární kodexy, které vznikly v okruhu pražské univerzity. Obsahují literární díla, dokumentující dobovou učenost a reformní proudy 14. a 15. století. Nechybí mezi nimi práce představitelů české reformace: Jana Husa, Jakoubka ze Stříbra a dalších. Neméně zajímavou a cennou skupinu představují rukopisy vzniklé v českých středověkých klášterech. Připomeňme například opisy nejstarší české lyriky, které se dochovaly díky zájmu Oldřicha Kříže z Telče. Naopak sbírka jezuitik dochovaných v kmenovém fondu je překvapivě chudá, doplněna byla až ze sbírek získaných spolu s pražskou lobkowiczkou knihovnou.
V době jezuitského vedení knihovny tvořily rukopisy samostatné oddělení. Snad ještě v době bibliotekáře Karla Rafaela Ungara (1743–1807), který navrhl nové členění fondu postavené na vědeckém základě, bylo pro rukopisy vytvořeno 18 oddělení. Nyní je sbírka rukopisů rozdělena do 26 číslovaných a 7 samostatných oddělení, a to jednak na základě jazyka, jednak na základě provenience. Na svých původních signaturách uloženy rukopisy z klášterů v Oseku, v Teplé a v Chebu, z knihovny Kinských, sbírka řeckých papyrů, indické rukopisy na palmových listech a část literárního archivu Adalberta Stiftera. Pro zařazení rukopisů do oddělení I–XV, XVI, XVII, respektive i XVIII a XXV je uplatňováno jazykové hledisko (podle toho, který jazyk v rukopisech těchto skupin převažuje). Pro ostatní oddělení, s výjimkou signatury XXIV, je uplatněno hledisko provenience.
Rozdělení rukopisné sbírky do oddělení
| sign. | charakteristika oddělení |
| I–XV | latinské rukopisy |
| XVI | německé rukopisy |
| XVII | české rukopisy |
| XVIII | orientální rukopisy |
| XIX | rukopisy z thun-hohensteinské knihovny v Děčíně |
| XX | rukopisy z kláštera benediktinů v Admontě |
| XXI | mladší latinské rukopisy |
| XXII | rukopisy Széll-Kubelíkovy knihovny |
| XXIII | rukopisy pražské lobkowiczké knihovny |
| XXIV | rukopisné zlomky |
| XXV | románské a řecké rukopisy |
| XXVI | rukopisy z Městské knihovny v Žitavě |
| Kinskiana | rukopisy tzv. starší knihovny Kinských |
| Osek | rukopisy z kláštera cisterciáků v Oseku |
| Teplá | rukopisy kláštera premonstrátů v Teplé |
| Cheb | rukopisy kláštera františkánů v Chebu |
| Gr | sbírka řeckých papyrů |
| Indian | indické rukopisy |
| PSA | archiv Adalberta Stiftera |
Inkunábule
Národní knihovna vlastní na 4 200 inkunábulí (tedy tisků vydaných do konce roku 1500). Jde o největší sbírku raných tisků na území České republiky, jež současně patří i k největším souborům ve střední Evropě. Ve své podstatné části se konstituovala již v poslední třetině 18. století, kdy k fondu klementinské jezuitské knihovny, do níž po Bílé hoře vplynuly i svazky starých kolejních knihoven pražské univerzity, byly připojeny fondy ostatních jezuitských kolejí a následně mnoha českých klášterů zrušených za vlády Josefa II. Hojně pak byla doplňována nákupy v průběhu 20. století. V několika posledních letech byla významným způsobem rozhojněna. Roku 2006 zakoupila Národní knihovna na 550 inkunábulí z knihovny premonstrátského kláštera v Teplé a roku 2008 získala spolu s fondem někdejšího františkánského kláštera v Chebu dalších 500 tisků 15. století, mezi nimi i řadu unikátních a neznámých jednolistů. Již od konce 18. století jsou pro inkunábule vyhrazena signaturová oddělení 39–44. Tiskařská germanika tvoří úctyhodných téměř 70 % sbírky, italika 25 % a na francouzské tiskárny připadají 2 %. Zbylá 3 % tvoří tisky z ostatních evropských zemí. Z celkem 44 známých inkunábulí vytištěných do konce roku 1500 na území vlastních Čech je zde alespoň v jednom exempláři zastoupeno 23 vydání, mezi nimi více unikátů. Kupříkladu ze skupiny sedmi tisků z nejstarší v Čechách působící tiskárny, která byla činná okolo 1476-1479 v Plzni, je jich v Národní knihovně zastoupeno šest, mezi nimi Statuta Arnošta z Pardubic s impresem z 26. dubna 1476, pokládaná dnes za asi nejstarší domácí tisk a známá jen ve třech exemplářích na světě. Nachází se tu i nejstarší pražský tisk – žaltář vytištěný roku 1487.
Nejstarším kusem sbírky inkunábulí byl donedávna zlomek – jeden list z tzv. 42řádkové bible Johanna Gutenberga, prvního velkého díla knihtisku, dokončeného snad již roku 1454. Nedávno byly s chebským fondem získány hned dva exempláře tzv. 31řádkového odpustkového listu, který vytiskl asi rovněž Gutenberg na podzim 1454. Chronologicky pak následuje 48řádková bible Gutenbergových pokračovatelů v mohučské tiskárně Johanna Fusta a Petra Schöffera z roku 1462. Mezi italskými inkunábulemi přichází řada slavných typografických děl, z nichž lze uvést alespoň Lactantiova Opera s impresem z 29. října 1465, vůbec nejstarší datovaný tisk první italské tiskárny, kterou v Subiacu u Říma založili Konrad Sweynheym a Arnold Pannartz.
Mezi klementinskými inkunábulemi je celá řada světových unikátů či vydání známých dnes jen z několika málo exemplářů. K unikátům patří dva tisky z rostocké tiskárny Bratří společného života (drobná dílka Anselma z Canterbury Soliloquium iubilaeum a Stimulus amoris, oba okolo roku 1475) či jednolistová exkomunikační listina rostockých měšťanů, kterou vydal 9. dubna 1489 biskup v šlesvicko-holštýnském Ratzeburgu Johannes V. Parkentin a v Lübecku vytiskl Steffen Arndes. Dalším z nich je unikátní latinský žaltář, který texturou vytiskl roku 1500 antverpský tiskař Adriaen van Berghen. Z typografických cimélií je tu nejstarší tisk vydaný v Uhrách, Chronica Hungarorum, vytištěná roku 1473 Andreasem Hessem v Budíně. Velkou vzácností je i cyrilicí tištěný Osmoglasnik v církevní slovanštině. Vytiskl jej mnich Makarios ve své dílně v černohorské Cetyni na přelomu let 1493 a 1494. Jedná se o jedno z nejstarších děl balkánského knihtisku.
Staré tisky
V současné době je ve fondech Národní knihovny přibližně 170 000 svazků starých tisků, tj. tisků vydaných v letech 1501 až 1800, které tak představují nejrozsáhlejší část historické knižního fondu.
Jádro fondu tvoří tisky z knihovny kolejí Karlovy university (tzv. stará karolinská knihovna), knihovna jezuitské klementinské koleje a univerzitní knihovna (tzv. nová karolinská knihovna). V roce 1777 byly tyto knihovní celky spojeny na základě císařského dekretu ve veřejnou univerzitní knihovnu se sídlem v Klementinu. Od roku 1776 byly do Klementina také sváženy knihovny zrušených jezuitských řádových domů a v letech 1782-1789 i další knihovny klášterů zrušených v rámci josefínských reforem. Základem roztřídění těchto fondů se stal a dodnes zůstává systém tématického uspořádání, který vytvořil počátkem 19. stol. významný klementinský knihovník Karel Rafael Ungar (1744-1807). Tištěnou produkci rozčlenil do 54 tematických oddělení (signaturové označení tedy začíná vždy číslem oddělení). Specifickou část historického fondu tvoří tzv. Bibliotheca nationalis, která představuje v rámci fondů NK jakési „rodinné stříbro“. Tvoří ji oddělení 45 až 54, přičemž oddělení 45 až 53 obsahují cizojazyčná bohemika, oddělení 54 pak jazykově české tisky (tato oddělení byla kontinuálně doplňována po celé 19. a 1. pol. 20. stol., některá, např. odd. 54, jsou doplňována stále, takže pouze část z nich jsou staré tisky, jedná se zhruba o 10 000 svazků).
Součástí historického fondu je též několik knižních celků. Zvláštní postavení má knihovna Kinských, tzv. Kinskyana, kterou daroval knihovně iniciátor universitních a jezuitských sbírek František Josef hrabě Kinský (1739-1805). Tato knihovna stojí na svých původních signaturách a skládá se z rodové knihovny Kinských (Bibliotheca Kinskyana maior) a z osobní knihovny hraběte Františka Josefa (Bibliotheca Kinskyana minor), jejíž součástí je sbírka vojenské literatury (Bibliotheca militaris).
Cizojazyčnou nebohemikální literaturu obsahují další oddělení ungarovského systému (odd. 1 až 38). Ty jsou zajímavé jak po stránce obsahové a typografické, tak mnohdy i provenienční. Jsou zde rozptýleny knihovní celky, které byly klementinské knihovně věnovány, či získány cílenou akvizicí (např. rodová knihovna Perštejnů, osobní knihovna Oldřicha Desideria Pruskovského z Pruskova či vyšehradského kanovníka Pavla Pistoria z Lucka), jakož i větší či menší části knihovních celků (např. rodová knihovna Šternberků, osobní knihovna Václava Budovce z Budova, Jana Zajíce z Házmburka, Václava Vřesovce z Vřesovic, Tychona Braheho a dalších).
Ve 20. století byla k ungarovskému systému vytvořena další oddělení. Z nich nejzajímavějšími celky jsou odd. 65 – pražská lobkowiczká knihovna (zakoupena státem v roce 1928), odd. 72 – sbírka čarodějnické literatury Kamilla Reslera, odd. 75 – knihovna Bernarda Bolzana.
Ve 30. letech 20. století byla též založena sbírka drobných tisků (kramářské tisky a modlitby).
V 50. letech 20. století byly zřízeny nové signatury (A-H, K-M, W atd.), na části z nichž se nacházejí rovněž staré tisky. Byly též vytvořeny zvláštní signatury pro sbírku universitních disertací – Diss a sbírka univerzitních tezí – Th. V roce 1958 se dostala do NK jako státní dar NDR sbírka bohemikálních starých tisků z Městské knihovny v Žitavě. V období komunistického režimu prošlo správou NK množství zestátněných knihovních fondů, z nichž většina byla po roce 1989 vrácena původním majitelů. Knihy, o které se nikdo nepřihlásil, tvoří společně s dary a převody od jiných veřejných institucí tzv. „rezervní fondy“. Tyto fondy jsou od pol. 90. let 20. století průběžně katalogizovány a spolu s novými akvizicemi stavěny na příslušné signatury.
Staré mapy
Oddělení rukopisů a starých tisků spravuje také sbírku map vydaných do roku 1800, s ojedinělými přesahy do především bohemikální produkce 19. století. Nejvýznamnější část tvoří tzv. lobkowiczká sbírka, uložená v oddělení 62 A, obsahující především obecně zeměpisné a místopisné mapy kontinentů, zemí a krajů, plány měst, poštovní a vojenské mapy. Rukopisné mapy a plány se v tomto fondu vyskytují jen výjimečně.
Starší mapová díla, včetně několikerého vydání Orteliova atlasu Theatrum Orbis Terrarum a také atlasů Gerharda Mercatora, Jodoca Hondia či Willema Janszoona Blaeua, najdeme především mezi starými tisky odd. 19 (geografie), v rámci lobkowiczké sbírky sbírky je pak jedním z nejstarších kartografických děl renesanční Beschreibung des Hochloblichen Furstenthub Obern und Nidern Bayern ([München], 1579), ve sbírce jsou dále například Sansonova Nouvelle introduction a la geographie (Paris, 1696), námořní atlasy Le Neptune francois, ou atlas noveau des cartes marine, vydaný Jaillotem (Paris, 1693), Mortierův Suite du Neptune francois (Amsterdam, 1700) či Keulenův De groote nieuwe Zee-Atlas ofte Water-Waereld Vertoonende in zig alle de Aardryks (Amsterdam, 1709), Schraemblův Allgemeiner grosser Atlas (Wien, 1786-1800) a řada map Lotterových, Homannových a Seutterových.
Bohemikální kartografie je ve sbírce zastoupena mapou Moravy podle Fabricia (Antverpen, 1573), Komenského mapami Moravy typu A a B (Amsterdam 1631 a 1680), Müllerovou mapou Čech (Augsburg 1720) a jejími dalšími vydáními, Müllerovými mapami českých krajů, Wielandovým dílem Atlas Silesiae (Nürnberg 1752), Bock-Polachovou mapou Čech (Wien, 1808), mapami českých krajů Františka Jindřicha Jakuba Kreibicha (1820-1834), dvěma unikátními rukopisnými mapami téhož autora z let 1809 a 1817 a řadou dalších kartografických děl.
Rozmanitost sbírky dokreslují kolekce rukopisných plánů barokních italských fortifikací, projekty silnic a železnic v Haliči nebo řada map vojenských operací sedmileté války. Jistou kuriozitu představují mapy italských regionů tištěné na atlasu, zatímco odbornou pozornost zasluhuje zejména Mauerův tříbarevný tisk mapy okolí Vídně z roku 1786.
Grafické teze
K nejcennějšímu souboru historických fondů Oddělení rukopisů a starých tisků patří sbírka 529 univerzitních grafických tezí z let 1637–1754. Prostřednictvím univerzitních tezí studenti oznamovali úspěšné ukončení studia a upozorňovali na slavnostní veřejnou disputaci, jež se – již od středověku – na závěr studia konala. Závěrečné obhajoby byly často spojeny s okázalými slavnostmi, kterých se účastnili nejen studenti a vyučující, ale také řada významných hostů, mezi nimiž nechyběli patroni a mecenáši studentů nebo významné osobnosti politického či kulturního života.
Obsah obhajoby, na níž měl student (defendent) prezentovat své řečnické dovednosti, byl učitelem a vedoucím obhajoby (praeses) stanovený předem a zformulovaný do několika bodů (tezí). Zpočátku byly tyto teze psané ručně, od 16. století začaly být šířeny formou drobných příležitostných tisků a v průběhu 17. a 18. století vycházely rovněž i v podobě grafických listů. Před vlastní obhajobou byly grafické univerzitní teze vyvěšovány na veřejná prostranství nebo jako pozvánka či dárek posílány významným a vlivným osobám.
Reprezentativní, velkoformátové jednostranné grafické listy, v nichž se obrazová složka prolínala s textovou, byly zhotovené buď na individuální objednávku, nebo byly vytvářené grafickými dílnami a s další produkcí nabízeny volně k prodeji. Zejména v případě univerzitních tezí vzniklých na přímou objednávku se setkáme nejen s důmyslným ikonografickým programem, ale rovněž se na jejich vytvoření podíleli významní umělci a grafici. Na realizaci tezí uložených v NK ČR se např. podílel Karel Škréta, Martin Antonín Lublinský, Petr Brandl, Melchior Küsel, Bartholomäus Kilian, Georg Philipp a Christian Rugendas, Joseph Sebastian a Johann Baptist Klauber nebo Jan Jakub Thummer.
Protože grafické teze patřily k výjimečným výtvorům barokní grafiky, staly se již v 17. století také žádaným sběratelským artiklem. Ačkoliv byly univerzitní teze vzhledem ke své vysoké umělecké hodnotě ceněny již v době svého vzniku a staly se předmětem sběratelského zájmu, dochovaly se do dnešních dob velice zřídka. V českém prostředí se nachází pouze dvě sbírky tezí uložené ve fondech Národní knihovny ČR a olomoucké pobočky Zemského archivu v Opavě. Obsáhlejší sbírka grafických tezí se nachází pouze v Augsburgu, v ostatních evropských knihovnách, muzeích nebo archivech nalézáme pouze ojedinělé exempláře.
Unikátní sbírka univerzitních tezí, kterou ve svém fondu uchovává Národní knihovna ČR, obsahuje 529 grafických listů a vyniká svou zachovalostí, uceleností i obsáhlostí. Základem kolekce se stal dar děkana, sběratele a strahovského premonstráta Matěje Ehricha (1762–1833). Ten v roce 1810 věnoval filozofické fakultě Karlo-Ferdinandovy univerzity soubor 518 tezí studentů filozofické fakulty. Tento unikátní soubor byl v roce 1863 předán Univerzitní knihovně (dnes Národní knihovna ČR) a v průběhu let byl rozšířen o dvanáct exemplářů. Význam pražské sbírky tezí, které se nevyrovná žádná z domácích ani zahraničních sbírek, byl potvrzen v roce 2011 zápisem do registru UNESCO Paměť světa.
Příruční knihovna
Nedílnou součástí fondů Oddělení rukopisů a starých tisků je systematicky vytvářená příruční knihovna určená jednak jako služební knihovna pro odborné zpracování knižních fondů, jednak jako uživatelská knihovna k prezenčnímu studiu. Je zaměřená na historické knižní fondy, jejich obsah a dějiny knižní kultury. Ve studovně je přístupná ve volném výběru její menší část, většina je k dispozici na požádání u služby. Příruční knihovna začala být budována v roce 1937, v současné době čítá cca 25 000 svazků a tvoří jedinečný soubor odborných publikací z 19. a 20. století až po současnou literaturu nejen domácí, ale i zahraniční produkce.
Všechny jednotky příruční knihovny lze najít v elektronickém katalogu NKC a jsou označeny zkratkou BMMS.
Příruční knihovna je rozdělena oborově do čtrnácti samostatných celků:
- Bibl – bibliografie
- Ed – edice
- Enc – encyklopedie
- Facs – faksimile
- Gen – generalia
- Her – heraldika
- Kart – kartografie
- Ill – ilustrace a iluminace
- Pal – paleografie
- Per – periodika
- Teg – vazby
- Typ – typografie
- Voc – slovníky
- Ms – soupisy rukopisů