Sbírka tištěných hudebnin
Je primárně doplňována na základě zákonem daného povinného výtisku. Od roku 1935 do roku 1992 byla získávána povinným výtiskem také slovenská produkce. Díky úsilí zakladatele oddělení Ladislava Vycpálka a jeho následovníků je v reprezentativní míře zastoupena starší produkce českých, a zvláště pražských hudebních nakladatelství již od 19. století, ojediněle i starších. Sbírka zahrnuje také zahraniční hudebniny zejména s vazbou k Čechám a novodobé kritické edice.
Sbírka rukopisných hudebnin
Obsahuje opisy i autografy zejména z 18.–20. století. Její součástí je několik samostatných celků, k nimž patří například hudební sbírka kantorského rodu Strachotů, sbírka z kůru kostela v Kolči nebo vzácná sbírka kantorského rodu Hübnerů z Dlouhého Mostu, ale i jednotlivé autografy významných skladatelů (např. Bedřicha Smetany, Antonína Dvořáka, Vítězslav Nováka nebo Josefa).
Mozartův památník
Byl založen v Klementinu již v roce 1837 jako první Mozarteum na světě. Zahrnuje soubor dobových dokumentů a tištěných vydání i rukopisů (opisů) Mozartových skladeb.
Sbírka rukopisné korespondence a varií
Obsahuje dopisy, pohlednice a korespondenční lístky zejména hudebníků, skladatelů, nakladatelů nebo hudebních vědců, taktéž pak tzv. varia – z ryze knihovního hlediska atypické dokumenty se vztahem k hudebnímu provozu či k osobnostem hudebního života (například ikonografický materiál, historické koncertní programy, vzpomínkové a autogramní listy či alba převážně z 19. a 20. století).
Příruční knihovna
Poskytuje muzikologickou literaturu, odborná periodika i neperiodické tiskoviny a časopisy.
Zpřístupnění sbírek
Hudebniny jsou k dispozici registrovaným uživatelům NK ČR k prezenčnímu studiu ve studovně Hudebního oddělení. Tištěné hudebniny jsou od roku 1995 evidovány v online katalogu NK ČR, v němž je nyní zahrnut veškerý tištěný fond – část automaticky převedených záznamů z lístkového katalogu však ještě neprošla rekatalogizací. Původní autorský lístkový katalog hudebních tisků je dostupný v naskenované podobě. Některé historické hudební tisky z 18. a 19. století jsou již zpracovány i v elektronické databázi hudebních pramenů RISM a jejich záznamy obsahují přesné znění titulních listů a hudební incipity skladeb.
Hudební rukopisy eviduje primárně elektronická databáze hudebních pramenů RISM (sigla CZ-Pu), ale stručný záznam obsahuje i online katalog NK ČR. Původní lístkový katalog hudebních rukopisů je dostupný v Hudebním oddělení.
Hudebniny je třeba objednávat předem prostřednictvím online katalogu, případně na emailové adrese oh@nkp.cz. Maximální počet objednávek je šest. Dokumenty jsou ve studovně Hudebního oddělení rezervovány 14 dnů.
Hudební oddělení vybírá a připravuje dokumenty ze svých sbírek k postupné digitalizaci. Digitalizované tištěné hudebniny jsou dostupné v digitální knihovně Kramerius, rukopisné hudebniny v databázi Manuscriptorium.
Hudebniny, jež nejsou chráněny autorským zákonem, lze nechat digitalizovat na objednávku dle platného ceníku.