1.0 Sekce knihovní fondy a služby
1.1 Odbor doplňování fondů
1.1.1 Oddělení mezinárodních agentur
1.1.2 Oddělení doplňování domácích dokumentů
1.1.3 Oddělení doplňování zahraničních dokumentů
1.2 Odbor zpracování fondů
1.2.1 Oddělení jmenného zpracování
1.2.2 Oddělení národních věcných autorit a věcného zpracování
1.2.3 Oddělení zpracování speciálních dokumentů
1.2.4 Oddělení národních jmenných autorit
1.2.5 Oddělení souborných katalogů
1.2.6 Oddělení retrospektivní konverze
1.3 Odbor služeb
1.3.1 Oddělení služeb čtenářům
1.3.2 Oddělení studoven
1.3.3 Oddělení referenčních a meziknihovních služeb
1.3.4 Oddělení periodik
1.4 Odbor správy fondů
1.4.1 Oddělení organizace fondů
1.4.2 Oddělení revize fondů
1.4.3 Oddělení správy Národního konzervačního fondu
1.4.4 Oddělení správy Univerzálního knihovního fondu
1.4.5 Centrální depozitní knihovna
1.4.6 Oddělení koordinace postupů správy a reformátování knihovních fondů
1.4.7 Oddělení výběru knihovního fondu pro reformátování
1.5 Odbor ochrany knihovních fondů
1.5.1 Oddělení vývoje a výzkumných laboratoří
1.5.2 Oddělení restaurování
1.5.3 Oddělení preventivní konzervace
1.6 Odbor novodobých digitálních sbírek
1.6.1 Oddělení standardů digitálních sbírek
1.6.2 Oddělení Webarchivu
1.6.3 Oddělení správy a archivace digitálních dokumentů
2.0 Sekce digitalizace a technologie
2.1 Odbor ICT
2.1.1 Oddělení podpory uživatelů
2.1.2 Oddělení provozu ICT
2.1.3 Oddělení SW aplikací
2.2 Odbor digitalizace a knihovních systémů
2.2.1 Oddělení skenování a reprografie
2.2.2 Oddělení metadat
2.2.3 Oddělení knihovních systémů
2.3 Oddělení procesů a podpory
3.1 Odbor ekonomiky a rozpočtu
3.1.1 Oddělení informační soustavy
3.1.2 Oddělení rozpočtu a evidence majetku
3.2 Odbor správy a provozu
3.2.1 Oddělení správy knihovny
3.2.2 Oddělení provozu Klementina a CD Hostivař
3.3 Odbor investic
3.3.1 Oddělení přípravy
3.3.2 Oddělení realizace
3.4 Odbor personální a mzdy
3.4.1 Personální oddělení
3.4.2 Oddělení zpracování mezd
3.5 Odbor veřejných zakázek a projektů
3.5.1 Oddělení veřejných zakázek
3.5.2 Referát projektové podpory a strukturálních fondů
[4.0]
4.1 Knihovnický institut (odbor)
4.1.1 Oddělení vzdělávání
4.1.2 Studijní a informační oddělení KI
4.2.3 Referát pro analýzu a koordinaci Veřejné knihovnické a informační služby
4.2 Slovanská knihovna (samostatný úsek)
4.2.1 Oddělení doplňování fondu
4.2.2 Oddělení zpracování fondu
4.2.3 Oddělení služeb
5.0.1 Referát bezpečnosti, krizového řízení a dislokace
5.0.2 Referát interního auditu
5.1 Kancelář generálního ředitele
5.1.1 Právní oddělení
5.1.2 Mezinárodní referát
5.1.3 Archiv NK ČR
5.1.4 Oddělení spisové služby
5.2 Odbor komunikace
5.2.1 Oddělení PR a marketingu
5.2.2 Oddělení nakladatelství a výstavnictví
5.3 Odbor Historické a hudební fondy
5.3.1 Oddělení rukopisů a starých tisků
5.3.2 Hudební oddělení
5.3.3 Referát Manuscriptorium
5.4 Úsek náměstka pro vědu, výzkum a mezinárodní vztahy